Vorneweg: Ich werde hier keinen kompletten (neutralen/objektiven) Vergleich anstellen, ich will nur meine eigene Erfahrung wiedergeben.
Nachdem ich lange Zeit für meine privaten Notizen MediaWiki im Einsatz hatte, „musste“ ich ein Deki Wiki aufsetzen, und muss sagen, ob der einfachen Handhabung im alltäglichen Einsatz (WYSIWYG-Editor etc.) habe ich mir spontan (nagut 4 Wochen später) ein eigenes aufgesetzt. Auch wenn die Installation aufwendiger ist, als die von Mediawiki und auch höhere Anforderungen an das System hat (neben PHP und MySQL auch Mono), so hat es sich auch in meinem Alltag bewährt, ich schreibe häufiger meine Randnotizen im Wiki als zuvor (und mein Zettelchaos nimmt etwas ab). Die im Gegensatz zum Mediawiki intuitivere Formatierung von Texten (man muss sich nicht irgendwelche Codes merken, erlaubt es einem einfach schneller einen brauchbaren und später noch lesbaren Text zu formulieren und formatieren ;)
Insbesondere die „leichte“ Erweiterbarkeit, z.B. zum „Rendern“ von mathematischen Formeln (LaTex-Stil), Syntax-Highlighting von Source-Code oder auch die Anbindung an ein LDAP zur Userauthenfizierung lassen eine vielseite Verwendung des Deki Wiki zu. Sicherlich es läuft auch beim Deki Wiki nicht alles Rund (warum kann man mit einer lokalen Userdatenbank keine Gruppen verwalten? Wäre eine Erleichterung bei der Rechteverteilung) oder warum werden standardmässig die Titel der geschützten Seiten trotzdem auch bei Gästen angezeigt (lässt sich leicht beheben)?
Fazit: Im Alltags Einsatz (als User) ist das Deki Wiki mein klarer Favorit.
P.S.: Im Blog von KOMAmedien findet ihr noch ein paar verlinkte Videos zum angeblich besten Wiki der Welt ;)